Markaz dastlab O‘zbekiston Respublikasi Axborot texnologiyalari va kommunikatsiyalarini rivojlantirish vazirligi huzurida “Axborot xavfsizligini ta’minlash markazi” davlat muassasasi sifatida tashkil etilgan. O‘zbekiston Respublikasi Prezidentining 2013-yil 27-iyundagi PQ-1989-son qarori hamda O‘zbekiston Respublikasi Vazirlar Mahkamasining 2013-yil 16-sentabrdagi 250-son qaroriga muvofiq, Markaz davlat muassasasi shaklidagi notijorat tashkilot sifatida o‘z faoliyatini boshlagan.

Keyinchalik, O‘zbekiston Respublikasi Prezidentining PQ-3245-son qarori bilan zamonaviy “Xavfsiz shahar” texnologiyalarini joriy etish va yagona apparat-dasturiy kompleksni yaratish loyihasini amalga oshirish maqsadida O‘zbekiston Respublikasi Axborot texnologiyalari va kommunikatsiyalarini rivojlantirish vazirligining “Axborot xavfsizligini ta’minlash markazi” “Axborot xavfsizligi va jamoat tartibini ta’minlashga ko‘maklashish markazi” sifatida qayta tashkil etildi.

Shundan so‘ng, O‘zbekiston Respublikasi Prezidentining PQ-4024-son qaroriga muvofiq, O‘zbekiston Respublikasi Axborotlashtirish va telekommunikatsiyalar sohasida nazorat bo‘yicha davlat inspeksiyasi huzuridagi “Texnik ko‘maklashish markazi” davlat unitar korxonasi sifatida faoliyat yuritdi.

O‘zbekiston Respublikasi Prezidentining 2019-yil 14-sentabrdagi PQ-4452-son qaroriga muvofiq, 2019–2026-yillarda “Kiberxavfsizlik markazi” davlat unitar korxonasi shaklida faoliyat yuritdi.

O‘zbekiston Respublikasi Prezidentining tegishli qaroriga muvofiq davlat muassasasiga aylantirilishi munosabati bilan, hozirgi vaqtda “Kiberxavfsizlik markazi” davlat muassasasi sifatida o‘z faoliyatini amalga oshirmoqda.